خود فاطمه (س) تصمیم گرفته بود که قبرش مخفی بماند و از همین رهگذر بود که علی بن ابی طالب علیه السلام فاطمه (س) را در تاریکی شب به خاک سپرد و قبرش را با زمین هموار ساخت و صورت چهل قبر تازه احداث کرد تا دشمنان کاملاً در اشتباه واقع شوند و موضع حقیقی قبر را تشخیص ندهند. گرچه خود علی بن ابی طالب و فرزندان زهرا علیهم السلام و خواص اصحاب و خویشان آن حضرت موضع دفن را می دانستند ولی سفارش های فاطمه (س) در مورد اختفاء قبر به طوری جدی و مؤکد بود که هیچ یک از آنان حاضر نشد آن را معرفی کند حتی کاری نکردند که از آثار و قرائن موضع قبر شناخته شود. ائمه اطهار هم یقیناً از موضع آن مطلع بودند ولی اجازه نداشتند که این سر الهی را آشکار سازند.

ولی در عین حال اهل تحقیق از آن صرف نظر نکرده اند و همواره مورد بحث و گفتگو بوده و بوسیله بعضی از امارات و قرائن، بعضی از نقاط را به عنوان محل دفن زهرا علیها السلام معرفی نموده اند.

بعضی گفته اند در روضه رسول خدا مدفون است. مجلسی از محمد بن همام نقل کرده که گفت: علی علیه السلام فاطمه (س) را در روضه پیغمبر مدفون ساخت ولی آثار قبر را به کلی از بین برد. باز مجلسی از فضه کنیز زهرا روایت کرده که در روضه رسول خدا صلّی اللَّه علیه و آله بر فاطمه (س) نماز خواندند و همانجا مدفون شد.

شیخ طوسی می فرماید: ظاهراً فاطمه علیها السلام را در روضه پیغمبر یا خانه خودش دفن کرده باشند. از جمله شواهدی که می توان برای این احتمال اقامه کرد حدیثی است که از رسول خدا نقل شده که فرمود: بین قبر من و منبرم روضه ای است از روضه های بهشت. (1)

شاهد دوم اینکه نوشته اند علی علیه السلام در روضه پیغمبر بر فاطمه (س) نماز خواند سپس پیغمبر را مخاطب ساخت و فرمود: سلام من و دخترت که در جوارت مدفون گشت بر تو باد یا رسولاللَّه!

«مجلسی» از «ابن بابویه» نقل کرده که فرمود: نزد من به صحت رسیده که فاطمه علیها السلام را در خانه اش مدفون نمودند. بعد از آن که بنی امیه مسجد را توسعه دادند قبر فاطمه (س) در مسجد واقع شد.

باز هم «مجلسی» از «محمد بن ابی نصر» نقل کرده که گفت: از حضرت ابوالحسن علیه السلام پرسیدم قبر فاطمه (س) کجاست؟ فرمود: در خانه خودش مدفون شد ولی بعداً که مسجد توسعه یافت جزء مسجد شد.

صاحب کشف الغمه می نویسد: مشهور آنست که فاطمه علیها السلام را در بقیع دفن کردند.

سید مرتضی نیز در عیون المعجزات همین مطلب را اختیار نموده است.

ابن جوزی می نویسد: گفته شده که فاطمه (س) در بقیع مدفون است.

بعید نیست این مطلب را از آنجا استفاده کرده باشند که علی بن ابی طالب علیه السلام صورت چهل قبر جدید در بقیع احداث نمود. وقتی مخالفین خواستند قبور جدید بقیع را مورد تعرض قرار دهند آن حضرت خشمناک شد و آنان را تهدید به قتل نمود. پس معلوم می شود یکی از آن قبور قبر زهرا بوده است.

ابن جوزی می نویسد: بعضی گفته اند که زهرا علیها السلام در کنار خانه عقیل مدفون شد و بین قبر آن حضرت تا راه، هفت ذراع فاصله است. عبداللَّه بن جعفر گفت: مورد تردید نیست که قبر زهرا علیها السلام در کنار خانه عقیل واقع شده است.